为了提高换热效率，防止或减少腐蚀，中央空调的冷却水系统和冷冻水系统都应该定期进行清洗，以除去金属表面上的沉积物和杀灭微生物。另外，对于新建的中央空调，其冷却水和冷冻水系统中的设备在制造加工、运输储存期间会发生锈蚀，带入切削油、防锈油；在安装过程中可能留下碎屑、油类泥沙和其他杂质。因此，在运行之前冷却水和冷冻水系统往往也需要清洗。循环水系统分为停机清洗和不停机清洗。
1、循环水系统的停机清洗。
       中央空调循环水系统的停机清洗包括冷却水系统的停机清洗和冷冻水系统清洗。
     （1）清洗范围
               A. 冷却水系统的清洗范围：冷冻水系统的清洗主要是针对冷却塔、冷却水管道内壁、冷凝器换热表面等的水垢、生物黏泥、腐蚀产物等沉积物。
               B. 冷冻水系统的清洗范围：冷冻水系统的清洗主要是针对蒸发器换热表面、冷冻水管道内壁、风机盘管内壁和空气调节系统设备内部的生物黏泥、腐蚀产物等沉积物。
     （2）清洗方法
              中央空调循环水系统设备及管道的清洗，可通过物理和化学清洗两种方法来进行。
               A. 物理清洗方法。
              物理清洗只能将循环水系统分成设备、管道等几个部分进行清洗，其主要清洗方式有：钢丝刷拉刷清洗、专用刮刀滚刮、高压水射流清洗。
               B. 化学清洗方法。
              化学清洗是通过化学药剂的作用，使被清洗设备中的沉淀物溶解、疏松、脱落或剥离的一类方法。化学清洗也常与物理清洗配合使用。其主要清洗方式有：循环法、浸泡法，碱洗、酸洗、杀菌灭藻清洗，单台设备清洗和全系统清洗。
      （3）循环水停机化学清洗的流程。
              中央空调停运后冷却水系统和冷凝水系统的清洗可采用单台设备清洗方式或全系统清洗方式，清洗流程一般为：水冲洗（检漏）→杀菌灭藻清洗→碱洗→碱洗后水冲洗→酸洗→酸洗后冲洗→漂洗→中和钝化（或预膜）。
2、循环水系统的不停机清洗
       中央空调循环水系统的不停机清洗包括冷却水系统的不停机清洗和冷冻水系统的不停机清洗。
      （1）冷却水系统的不停机清洗。
             冷却水系统不停机清洗是一种循环清洗方法。主要流程为：杀菌灭藻清洗→酸洗→中和→预膜。
      （2）冷冻水系统的不停机清洗。
             冷冻水系统不停机清洗也是一种循环清洗。主要清洗流程和冷却水循环系统的不停机清洗基本相同：杀菌灭藻清洗→酸洗→中和→预膜。