在中央空调的循环水系统中由于水质不稳定而易引起系统结垢、腐蚀、污泥和藻类等不良后果。
结垢：由于水中溶有大量的碱土金属离子和碳酸氢根等具有反常溶解度的微溶盐类，它们在传热过程中或者在水的物理化学因素发生变化时，从水中沉积到金属表面上来。水在不断循环使用过程中，由于循环系统内温度、水流速度的变化，水的蒸发，多种无机离子和有机物质不断地被浓缩，会在冷凝器、管道和冷却塔内形成矿物水垢。水垢的导热系数小于O.8，而冷凝器和蒸发器紫铜管的导热系数为320，两者相差400倍以上。
 
腐蚀：水中存在氧化性物质，水中的氧气对大部分金属都会产生腐蚀。金属在水中的腐蚀是一个电化学过程，腐蚀会在所有的金属表面无休止地进行。阴、阳极反应的产物在静电的作用下相互迁移扩散，最终形成腐蚀产物。我们看到的直观现象是循环管路表面存在大量的锈瘤，腐蚀的产物会不断累积在金属表面。
 
污泥和藻类：由于冷却水温度合适，容易滋生大量的细菌、微生物及藻类。目前，很多冷水机组所安装的除污器都是Y型过滤器，装在冷却水泵入口前的立管上。这种Y型过滤器，只能捕捉设备运行初期的建筑垃圾，防止这些垃圾进入冷凝器，不能在日常运行中捕捉细小水垢和锈垢，因此会引起冷凝器积垢、积泥和其他杂质。另外，目前很多单位的中央空调冷却水系统最低处都没有安装快速排污阀，部分单位还用封堵塞住了这些排污口，其实这种做法是错误的，易使制冷机组内积聚污泥和杂质，影响热交换效率。凡采用电磁水处理的冷却水系统，都要安装排污管道，进行连续排污，排污量可控制在循环水量的0.5%～1.0%左右。开式循环冷却水系统，须要设置过滤器，过滤器的过滤能力，根据当地大气的含尘量等情况，可考虑按循环水量的1%～5%或结合实际情况来选择，以获得较好的处理效果。对其他新安装的冷却水系统或已完全除垢的冷却水系统，也可以每1%～2%周排污一次。